تواجه تربية النحل في نينوى تحديات بيئية واقتصادية متعددة، منها قساوة الحر والبرد، استخدام المبيدات الزراعية، وفرض ضريبة سنوية على كل خلية تبلغ 60 ألف دينار، وهو قرار جديد في المحافظة. رغم زيادة أعداد المناحل بعد تحرير الموصل، إلا أنها لا تزال أقل من المطلوب مقارنة بحجم السكان.
يستخدم بعض المزارعين مبيدات رديئة تؤثر سلباً على النحل الذي يلعب دوراً أساسياً في تلقيح النباتات. كما تراجع إنتاج العسل في 2026 بسبب انخفاض درجات الحرارة وكثرة الأمطار، والانتقال السريع من الشتاء إلى الصيف مع غياب فصل الربيع، مما قلل من توفر الرحيق.